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La especie se está enfrentando a un riesgo alto de extinción en estado silvestre.
El águila perdicera está incluida en el Libro Rojo de las aves de España 2021 en la categoría de VU – Vulnerable. En esa misma categoría aparece citada en el Catálogo Español de Especies Amenazadas.
La especie sufrió un declive severo en las últimas décadas del siglo XX que últimamente se ha ralentizado gracias a los esfuerzos de conservación. Aun así, se considera que la tendencia global sigue siendo negativa, ya que entre los censos del 2005 y del 2018, los dos últimos, se ha detectado una disminución del 3% aproximadamente.
La principal amenaza para la especie reside en un alto índice de mortalidad adulta derivado de la persecución directa (disparos, trampas o venenos en cotos de caza menor) y de la electrocución y colisión con tendidos eléctricos. Además, se ve considerablemente afectada por la transformación del hábitat (infraestructuras, reforestaciones que implican un descenso de su alimento), la escasez de recursos tróficos (motivada fundamentalmente por las enfermedades del conejo) y las molestias humanas en áreas de cría. También se ha citado la competencia con el buitre leonado y el águila real por los lugares de nidificación.
Se tiene un elevado nivel de conocimiento sobre esta especie ya que ha sido objeto de muchas tesis doctorales y de intensos programas de conservación. Por ello, las medidas de conservación propuestas se centran en evitar muertes innecesarias, ya sea por accidente o por persecución directa. Lo principal sería abordar el gravísimo problema de la electrocución en tendidos eléctricos evitando diseños peligrosos y corrigiendo o señalando las líneas ya instaladas. También sería deseable, dentro de zonas sensibles para la especie, la colocación de dispositivos antiahogamiento en estanques y balsas de riego, limitar las pistas aéreas durante la época de cría, evitar la construcción de carreteras rápidas y prohibir el uso de alambre de púas.
En cuanto a las medidas contra la persecución directa destacan perseguir judicialmente todos los casos e incidir en la sensibilización hacia el respeto de especies protegidas. Además de estas medidas conviene seguir con los programas de conservación, con los censos periódicos y con la investigación sobre la especie.