La cigüeña negra, especie monotípica, se distribuye en tres núcleos aparentemente disyuntos: desde la Península Ibérica hasta países del Este en Europa, Asia, cuya población es poco conocida, y África austral que presenta una población aislada que no conecta en sus migraciones con efectivos del Paleártico.
Las aves europeas invernan en el África subsahariana y Oriente Medio.
Se reproduce en el cuadrante suroccidental de la Península, repartiéndose su población nidificante entre Castilla y León, Extrmadura, Madrid, Castilla-La mancha y Andalucía, siempre en entornos próximos a medios acuáticos y cortados rocosos.
Durante los pasos migratorios (febrero-abril y agosto-octubre) se observa por gran parte de la España peninsular, siendo entonces más abundante en su mitad oriental y durante el paso otoñal.
Si bien la mayor parte de la población es migrante, se registran pequeños núcleos invernantes en Doñana y su entorno, en determinados embalses de Extremadura (destaca el de Orellana, en Badajoz) y en el valle del río Tiétar (Ávila-Toledo-Cáceres).
Para más información sobre su distribución territorial y otros datos de interés, consulta la ficha de la cigüeña negra en el III Atlas de las aves en época de reproducción en España.
La mayoría de los efectivos son estivales, aunque existen núcleos de invernada, correspondientes tanto a aves ibéricas como a ejemplares de Europa occidental que no llegan a migrar hasta África. También hay algunas áreas de España donde a nivel local se considera una especie residente.
Después de la cría, las aves se concentran en pequeños grupos locales, a los que se unen y sustituyen progresivamente efectivos migrantes procedentes de Europa occidental, lo que alarga el paso hasta finales de octubre.
Según la Lista Roja Europea de Aves 2021 se estima la población de cigüeña negra entre unos 20.200 y 32.400 ejemplares maduros, con tendencia desconocida.
La población española de cigüeña negra está compuesta por unas 386 parejas reproductoras, de las cuales 346 son seguras y unas 40 probables, según el último censo de la especie llevado a cabo en 2017 (Del Moral, J.C., 2022)
El área de nidificación en España se limita a la zona sur y centro de la mitad occidental de la península ibérica. Es un ave ligada a medios acuáticos por lo que utiliza los cortados rocosos para la colocación de sus nidos de tal forma que su área de distribución está asociada a los cursos de agua. Si se agrupan las localidades de reproducción por cuencas hidrográficas, la cigüeña negra se localiza predominantemente en la cuenca del Guadalquivir, englobando el 45% de la población, seguida muy de cerca por la cuenca del Tajo, un 41 %, y las cuencas del río Guadiana y del Duero albergan el 7 % de los efectivos reproductores.
Más de la mitad de la población de cigüeña negra en España y el 58,8 % de los puntos de nidificación se localiza en la red actual de Zonas de Especial Protección para las Aves. Destacan las de la Sierra Norte de Sevilla, Monfragüe y dehesas de su entorno, Sierra de Aracena y Picos de Aroche, Arribes del Duero, Sierra de San Pedro, Riberos del Almonte, Río y Pinares del Tiétar y Sierra Morena.
La población de cigüeña negra en España ha cambiado de forma diferente a nivel regional en los últimos años. Hay una evolución positiva o estable en Andalucía y Extremadura, mientras que se ha observado un descenso en las poblaciones perimetrales de Castilla-La Mancha, Castilla-León y Madrid. En rasgos generales la evolución de la cigüeña negra en España parece estable, sin embargo, no hay que obviar los signos que indican un declive en poblaciones aisladas geográficamente, el descenso de los parámetros reproductivos y la reducción del área de ocupación del 33% a partir de la comparación entre el II y III Atlas de las aves en época de reproducción.