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La especie se está enfrentando a un riesgo muy alto de extinción en estado silvestre.
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Especie abundante y de amplia distribución territorial que, una vez evaluada, se considera fuera de las categorías con mayor grado de amenaza.
El ánade rabudo se incluye en el Libro Rojo de las Aves de España 2021 en la categoría de EN – En Peligro como reproductor y de LC – Preocupación Menor como invernante. Sin embargo, la especie no aparece en el Listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial ni en el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas.
Ciertamente, la población invernante en España goza de buena salud y se encuentra en aumento. Sin embargo, la nidificación es mucho más irregular y con cifras reducidas.
En cuanto a la reproducción, la península ibérica se encuentra en el límite meridional de su distribución. Las marismas del Guadalquivir son el principal lugar de cría en España y no todos los años ocurre. Los datos actuales implican una tendencia negativa de aproximadamente el 50% si se comparan con los registros de principios de este siglo y finales del pasado. En aquellos años la especie se reproducía esporádicamente en algunos humedales manchegos y en Segovia.
La alteración, destrucción y transformación de los humedales, tanto en los lugares de cría como en los de invernada, constituyen los principales problemas que comprometen la conservación de la especie. Es posible que la escasa reproducción que tenía lugar en La Mancha húmeda a finales del siglo XX desapareciese por completo a causa de la desaparición de charcas temporales por drenaje y descenso del nivel freático. De forma similar, la escasa inundación de la marisma del Espacio Natural de Doñana está contribuyendo al declive en esa zona, principalmente porque los nidos quedan al alcance de depredadores como jabalíes o zorros, pero también de ganado bovino o equino que en numerosas ocasiones los acaba pisoteando. Hay que decir que la caza es una amenaza directa sobre esta especie al no presentar catalogación alguna como especie amenazada, por lo que se corre el riesgo de que parte de la población reproductora sea abatida junto con ejemplares de la población invernante, ya que ambas poblaciones ocupan las mismas zonas durante el invierno. Además, igual que sucede con muchas otras aves acuáticas, otro efecto que sufre derivado de la caza es el plumbismo, o intoxicación por el plomo de los perdigones.
Para mitigar la presión que se está ejerciendo sobre el ánade rabudo en España se propone revisar la catalogación de protección legal de la población reproductora de la especie a escala estatal y acabar aplicando los planes de recuperación pertinentes. También sería conveniente conservar, restaurar y proteger los humedales manchegos alterados o desaparecidos, realizar seguimientos de la población reproductora en cuanto a lugares de cría y tasa de éxito reproductivo, controlar los depredadores generalistas en las marismas del Guadalquivir y reducir la presión cinegética sobre la especie.