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La especie se está enfrentando a un riesgo muy alto de extinción en estado silvestre.
La especie está incluida en el Libro Rojo de las Aves de España 2021 como EN – En Peligro, lo que supone un significativo paso atrás en relación con la categoría que se le asignaba en la edición del 2004 del mismo libro. Aparece también citada en el Listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial, pero no en el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas.
El declive poblacional que ha sufrido la especie en el periodo 1998-2018, que alcanza la cifra estimada del 72.7%, las extinciones locales constatadas y el alto riesgo de disminución en el futuro próximo hacen saltar las alarmas sobre la situación del alcotán. Y el hecho de que haya experimentado una disminución superior al 70% en tres generaciones hace que cumpla uno de los criterios para asignarle el nivel de amenaza comentado.
Entre sus principales amenazas destacan la pérdida y degradación del hábitat forestal por incendios, la destrucción de sotos fluviales, la eliminación del arbolado disperso en paisajes agrarios y la urbanización de las áreas de alimentación (zonas húmedas y medios agrarios; en estos últimos se produce el declive de paseriformes e insectos por culpa de la concentración parcelaria, el uso de biocidas y la desaparición de linderos). También se citan la caza furtiva —principalmente en la media veda—, la electrocución en tendidos eléctricos y la afección por pesticidas. Además, como cría de forma tan tardía, esta rapaz puede verse afectada por las molestias ocasionadas durante el periodo de caza de la media veda o durante la realización de trabajos forestales.
De entre las medidas de conservación propuestas, la que más incidencia se cree que tendría es la de que se consiguiese que una superficie significativa de las tierras de labor (30 %) no fuese cultivada, ni labrada, ni tratada por un periodo mínimo de dos años ya que esto tendría una repercusión directa en recuperar y mejorar la biodiversidad de los ecosistemas asociados a estas tierras y de los que el alcotán y muchas otras aves forman parte. Otras medidas incluyen revisar su catalogación a nivel legal y elaborar y aprobar planes de conservación pertinentes, realizar un seguimiento de las poblaciones para poder investigar las causas de su declive, otras ligadas a la gestión forestal y agrícola como pueden ser las de conservar formaciones de arbolado en lindes o barbechos, regular o prohibir el desarrollo de infraestructuras urbanísticas y energéticas en las zonas sensibles, regular la media veda y prohibir la caza en zonas de nidificación, y mejorar los servicios públicos de protección ambiental designando nuevas zonas ZEPA o ampliando las existentes.