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La especie se está enfrentando a un riesgo alto de extinción en estado silvestre.
Se incluye en el Libro Rojo de las Aves de España 2021 en la categoría de VU – Vulnerable y aparece dentro del Listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial, pero no en el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas.
En general es una especie muy sensible a las degradaciones del hábitat y las localizaciones de cría. Actividades de origen antrópico como el desarrollo urbanístico en las zonas costeras, áreas de elevada presión turística, pueden limitar las áreas de alimentación, cría o sesteo de esta especie. Otro problema evidente es la falta de localidades de cría alternativas, dada la tremenda ocupación del litoral.
Las prácticas agroganaderas, silvícolas y de acuicultura suponen la alteración antrópica de los humedales costeros ya que promueven la conversión directa en tierras para uso agrícola. medio natural. La sobreexplotación comercial de recursos pesqueros marinos es un factor de amenaza significativo n las áreas de cría o de paso al disminuir los recursos tróficos aprovechables para esta especie. La contaminación de las aguas residuales y de escorrentía de áreas urbanas así como la presencia de productos contaminantes, químicos tóxicos, nutrientes, así como residuos depositados en áreas litorales, especialmente plásticos, resulta una importante amenaza para esta especie.
La presencia de predadores en las colonias, especialmente de especies nativas problemáticas, como el jabalí, el tejón y el zorro generan problemas de conservación y afectan a núcleos reproductores. Igualmente, la población reproductora de gaviota patiamarilla ha provocado el desplazamiento e incluso la disminución de los núcleos reproductores del charrán patinegro.
El cambio climático expone la vulnerabilidad de los ecosistemas costeros. El impacto relacionado con el aumento del nivel del mar, la mayor frecuencia de fenómenos meteorológicos localizados y extremos, provocan una importante erosión costera y por tanto puede suponer la eventual pérdida o disminución de los hábitats de cría. Igualmente, el escenario de cambio climático sumado al hacinamiento de gran cantidad de aves en lugares restringidos debido a la transformación del medio litoral puede propiciar enfermedades emergentes que ponen en especial riesgo a las aves acuáticas coloniales y gregarias.
Las actuaciones de conservación propuestas apuestan por la recuperación de los caudales hídricos para mantener las principales localidades de cría, así como garantizar la fuente de nutrientes y sedimentos de origen fluvial para revertir procesos erosivos. Igualmente se debe llevar a cabo la adecuación y optimización de áreas en los humedales costeros para que puedan instalarse colonias de cría.
Igualmente es imprescindible llevar a cabo una gestión racional de los recursos pesqueros y mejorar la regulación de las actividades turísticas en las principales zonas de reproducción, así como la regeneración de zonas que, en un futuro próximo, puedan ofrecer las condiciones necesarias para su expansión. También se debe continuar el seguimiento del impacto de los depredadores en las áreas sensibles de reproducción y mantener la evaluación ambiental de la actividad salinera en las áreas de cría. Por último, se debería evaluar la incidencia de la contaminación marina en la población de esta especie.