Los Grupos de Trabajo de SEO/BirdLife forman parte de la estructura de la organización y así están contemplados en su Reglamento Interno.  Actualmente son seis grupos: Comité Científico, Centro de Migración de Aves, Rarezas, Exóticas, GIAM (Grupo Ibérico de Aves Marinas) y el Grupo de Trabajo de Taxonomía, de reciente creación.

Todos ellos tienen un funcionamiento un tanto independiente al de las propias oficinas y personal contratado de la organización y están constituidos por un comité organizador que promueve sus acciones, moviliza voluntarios, recopila información y publica constantemente resultados de sus trabajos (el comité científico tiene otras funciones un tanto diferentes a las del resto de grupos).

Dentro de SEO/BirdLife han existido iniciativas que mantienen esas mismas acciones, pero que aún no han sido reconocidos dentro de su estructura. Uno de ellos tiene tantos años de funcionamiento como la propia organización, es el caso del Noticiario Ornitológico ¿quién no conoce sus informes periódicos desde  muy antiguo y que se publican en la revista Ardeola, junto con los del Comité de Rarezas. Este grupo ha generado y genera tanta información que funciona como un grupo de trabajo más.