En 1992, y por encargo de la Comisión Europea, SEO/BirdLife realizó una puesta al día de las IBA españolas actualizando los datos del volumen nº 3 de la serie de monografías publicada con anterioridad gracias a un proyecto conjunto entre el Grupo Ornitológico Canario (GOC) y SEO/BirdLife, identificando nuevas áreas y dibujando los límites sobre mapas por primera vez. Las superficies se midieron utilizando un planímetro digital. Este documento no se publicó, pero fue el inventario utilizado desde 1992 hasta el inventario publicado en 1998.
SEO/BirdLife publicó una nueva actualización y revisión del inventario de Áreas Importantes para la Conservación de las Aves en España en 1998. La nueva y detallada información se consiguió gracias al esfuerzo de un gran número de voluntarios 
entre los que destacan los encargados de área, que son los voluntarios específicos que colaboran con el Programa de IBA. También colaboraron algunas administraciones y otras ONG conservacionistas. En este inventario se clasificaron, siguiendo los criterios establecidos, un total de 391 IBA. Se actualizó la cartografía y se recopiló nueva información respecto a los hábitats, los usos del suelo, los espacios protegidos, las amenazas y la bibliografía. Asimismo se aprovechó para realizar una revisión de los criterios y crear una base de datos informática.
Hasta la actual revisión de 2011 se han realizado algunas actualizaciones parciales, como por ejemplo la llevada a cabo en el año 2000, principalmente sobre las IBA de las Islas Canarias, con la aprobación de tres nuevas IBA. Pero la principal aportación se llevó a cabo en 2009 con la publicación del inventario sobre las Áreas Importantes para la Conservación de las Aves marinas en España, gracias a un proyecto LIFE, que supuso el primer inventario de este tipo en el mundo. En este inventario específico del medio marino en España, se identificaron 42 IBA además de 4 más consideradas como IBA potenciales y otras 4 más fuera de aguas españolas. Al mismo tiempo se desarrolló un marco metodológico para la identificación de este tipo de espacios que puede aplicarse en cualquier país del mundo.
En 2011 se realizó una revisión completa donde se han modificado los límites de 365 IBA, se fusionaron 11, se integraron en el inventario las 44 IBA marinas y se designaron 59 nuevas IBA. El último inventario de IBA incluye 469 IBA que ocupan una superficie de casi 24 millones de hectáreas, de las que algo más de 18 millones son terrestres y 5 millones y medio son marinas, lo que supone, en su parte terrestre el 36% de la superficie del país, un 3,5% más que en el inventario de 1998.
