Obviando la destrucción y modificación del hábitat que, sin duda es la amenaza más importante, el resto de amenazas según el número de IBA a los que afectan son las siguientes:
Las molestias humanas es la amenaza que más se repite en las IBA, afectando a más del 85% de ellas. Está por lo general ligada al ocio humano, en la que destacan las molestias producidas por senderistas, competiciones deportivas, motos, quads, rallies, pesca deportiva, observación y fotografía de la naturaleza, escalada y descenso de cañones. Las molestias producidas por ejercicios militares afecta a 69 IBA.
La intensificación agrícola y ganadera afecta a más del 70% de las IBA y agrupa la pérdida de heterogeneidad de los medios agrícolas, el aumento de superficie de regadío, concentraciones parcelarias, el incremento de granjasy desaparición de ganadería extensiva. En esta amenaza no se ha tenido en cuenta como tal el impacto de los productos fitosanitarios que se utilizan en la agricultura. Si bien hay muchos lugares en los que se ha producido una intensificación agrícola, también hay casi 200 IBA en las que se ha producido el abandono de tierras agrícolas suponiendo su matorralización y una amenaza para las aves.
La actividad cinegética es el tercer grupo de amenazas afectando a un 70%. No afecta en todos los casos a las especies por las que se declara la IBA, pero que afecta al espacio en general. Entre las prácticas contempladas destaca la caza ilegal, que se produce en más de 200 IBA. De hecho, una de las primeras causas de ingreso de aves protegidas, heridas o muertas, en los centros de recuperación de fauna son los disparos. Además, se han identificado muchas IBA en las que se cazan aves en periodo reproductor o en el que el control de predadores, legal o ilegal, supone una amenaza.
Infraestructuras como las carreteras, los tendidos eléctricos, los parques eólicos y solares también se encuentran entre las primeras amenazas, afectando, según la infraestructura, entre un 40 y un 60% de las IBA. Estas infraestructuras producen tanto una mortalidad directa de la fauna como una fragmentación o disminución de disponibilidad del hábitat.
El desarrollo urbanístico, incluyendo la construcción de nuevos polígonos industriales, se ha identificado como una amenaza para más de la mitad de las IBA. Estas actividades están también relacionadas con el desarrollo de áreas turísticas y de recreo (complejos hoteleros, golf,…) detectándose en casi 200 IBA.
La contaminación de acuíferos y humedales por aguas residuales, urbanas, agrícolas, ganaderas, etc.; así como los vertidos puntuales afecta a más del 50% de las IBA. Además, más de un centenar de IBA presentan afecciones en sus humedales por escombreras, encauzamientos, dragados e invasión de sus cauces…
Las canteras, graveras y minas a cielo abierto han sido una gran amenaza para las IBA. Hay decenas de ejemplos en las que estas actividades han afectado a especies muy amenazadas en las IBA. Por ejemplo, la mina a cielo abierto de Zilbeti, Navarra, recurrida por SEO/BirdLife ante los tribunales, podría haber destruido cuatro territorios de pico dorsiblanco, un 6% de su población española. Existe un gran reto de restaurar estos espacios degradados y devolverlos a una situación que permita la conservación para los valores de la zona.
El uso ilegal de veneno se ha registrado en casi 150 IBA, siendo una de las principales amenazas para nuestra biodiversidad. En la última década, casi 7.000 ejemplares de especies amenazadas se han encontrado muertos a causa del veneno, entre los que destacan águilas imperiales ibéricas, quebrantahuesos, buitres negros, alimoches, buitres leonados, milanos reales y negros. Por otro lado la escasa detectabilidad de los animales envenenados hace pensar que los datos de mortalidad reflejan solo una pequeña parte de la mortalidad que realmente se produce. Además, hay que tener en cuenta que el veneno afecta generalmente a la fracción adulta reproductora, lo que hace disminuir la productividad y el éxito reproductor, afectando de forma negativa a la dinámica poblacional de las especies.
La destrucción del hábitat producido por los incendios afectó a más de 150 IBA, suponiendo en alguna ocasión una superficie importante del espacio. Se trata de una amenaza que puede llegar a ser dramática.
El cambio climático también ha sido considerado como una de las amenazas potencial en más de 160 IBA. El atlas climático de las aves reproductoras de Europa predice que las poblaciones de aves de Europa tendrían que trasladarse, como media, 550 km hacia el noreste a finales de este siglo. Hay que tener en cuenta que la movilidad de estas especies provocaría también que los espacios protegidos y las IBA deberían ser también modificados. Por otro lado, un artículo publicado en la revista Nature calcula que entre el 15 y el 37% de las especies de plantas y animales están destinados a la extinción para el 2050 por esta causa.
