La intensificación agraria es una de sus principales amenazas, particularmente la destrucción de nidos y polluelos por las cosechadoras. El uso de plaguicidas también afecta a la especie, ya que disminuye el número de presas. Por todo ello, sus poblaciones tienen un declive muy importante y en España está considerada como una especie Vulnerable en el Catálogo Español de Especies Amenazadas.

El aguilucho cenizo es una rapaz que, en nuestro territorio, depende estrechamente de las grandes extensiones cultivadas de trigo y cebada, donde, a falta de los grandes herbazales que conforman en otros lugares su hábitat predilecto, instala los nidos. A cambio de alojarse en los cultivos, el aguilucho cenizo elimina ingentes cantidades de topillos, ratones, langostas, pequeños reptiles y aves granívoras, que constituyen sus presas habituales.

Las transformaciones de los cultivos de cereal de secano a regadíos o leñosos, las prácticas agrícolas intensivas, la reducción de linderos y barbechos y, especialmente, la recogida temprana de las cosechas está afectando muy gravemente a esta especie. También la persecución de esta rapaz, a causa de ser una especie que depreda puntualmente sobre especies cinegéticas, ha sido una causa de mortalidad del aguilucho cenizo.

Ficha del aguilucho cenizo en el Libro Rojo de las Aves de España: