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La especie se está enfrentando a un riesgo muy alto de extinción en estado silvestre.
El martín pescador se encuentra EN – En Peligro en el Libro Rojo de la Aves de España 2021. Se incluye en el Listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial.
Destaca de esta especie la elevada mortalidad directa, donde el 70% de los juveniles no sobreviven el primer año de vida, y de los que lo logran, sólo llegan al cuarto año de vida menos de un 10% de ejemplares. A ello se le suman numerosas amenazas que acusan el declive de sus poblaciones, lo que sitúa a esta especie en un riesgo de extinción muy preocupante. La transformación y pérdida de hábitats disponibles derivada de la degradación de los ecosistemas fluviales es una de las principales amenazas, a consecuencia de la alteración de los cursos naturales por canalizaciones, grandes infraestructuras, destrucción de la vegetación de ribera o la variación del régimen de caudales. Ello reduce la disponibilidad de lugares de nidificación y alimentación, sumado a la pérdida de recursos tróficos, al desaparecer peces autóctonos. El desarrollo urbanístico y la ampliación de las redes de carreteras puede empeorar su situación por atropellos, especialmente en vías cercanas a humedales. La contaminación química y biológica de las aguas continentales a causa de vertidos está provocando un declive importante de las poblaciones de martín pescador. Igualmente, la caza ilegal puede representar una amenaza más importante de la que se podría esperar para esta especie, sin embargo, algunos grupos de aficionados a la pesca lo consideran un depredador importante de especies peces de interés, lo que ha llevado incluso a solicitar descastes de martín pescador. Otra amenaza destacable para esta especie es el cambio climático y el calentamiento global que provocan una mayor frecuencia de eventos climáticos extremos en cualquier época del año, como olas de calor y lluvias torrenciales que disminuyen drásticamente su tasa de reproducción. También afecta negativamente la elevada presión humana derivada de actividades recreativas asociadas a cursos fluviales. Por último, una importante amenaza es la inacción de las administraciones públicas. Al no designar espacios protegidos ni medidas específicas como planes de recuperación o conservación, afectan a la viabilidad de las poblaciones futuras. Incluso se produce de forma continua el incumplimiento de la Directiva Marco del Agua, vigente tanto a nivel estatal como autonómico, ya que la degradación de los ecosistemas de agua dulce produciéndose de forma continuada a causa del vertido de aguas contaminadas o no respetar el caudal ecológico en algunos ríos.
Entre las actuaciones de conservación propuestas se encuentran la protección y conservación de los ecosistemas fluviales y zonas húmedas, desarrollando medidas de restauración de los cauces y riberas, para mantener los taludes naturales de las orillas y respetando el régimen de caudales ecológicos que beneficiarían a numerosas especies propias de estos hábitats. Una medida de conservación sería la revisión de la catalogación de la especie a nivel estatal para elaborar una estrategia estatal y autonómica que permita desarrollar planes de conservación para su recuperación, así como la designación de nuevos ZEPA y ZEC que alberguen mayor porcentaje de la población reproductora. Para mejorar el hábitat de esta y otras especies ligadas a los ríos, es necesario adoptar planes de gestión de los cauces, de forma que se establezcan criterios estrictos de mantenimiento de la calidad del agua, se evite la destrucción de la vegetación ribereña y de las orillas y se controle rigurosamente la introducción de especies foráneas.